L'histoire de la presqu'île Masoala et de la baie d'Antongil est extrêmement riche. L'époque avant l'arrivée des premiers Européens en 1500 est connu seulement à travers la légende. Durant le 17è siècle, la présence européenne dominante fut celle des Hollandais, qui établirent une base à Nosy Mangabe pour l'exportation des esclaves envers leurs colonies en Indonésie et en Afrique du sud.

L'actuelle ville de Maroantsetra fut d'abord connu sous le nom de Port Boynes, ensuite Ambatomasina (littéralement : pierre sacrée) et finalement Maroantsetra (maro = nombreux, et antsetry = fléchettes, objet pointus et tranchants). Ce nom viendrait de l'habitude des habitants de planter ces objets le long de la rivière pour empêcher l'entrée des envahisseurs.

Une version de l'origine du nom d'Antalaha dit qu'il aurait été fondé par deux frères musulmans qui venaient de Comores. Après s'être installé, l'un d'eux serait parti pour une autre terre et disant à l'autre qu'il lui laisserait Antalaha ou
" endroit d'Allah ".